As Bíblias protestantes costumam ser baseadas no texto judeu massorético e omitem os livros deuterocanônicos. Os motivos históricos para isto parecem ser quase acidentais e a maior parte dos protestantes e evangélicos não estão conscientes disto.

A ênfase dos reformadores protestantes nas línguas originais (por causa de sua herança renascentista) levou a maioria dos reformadores a insistir em utilizar o cânon do Velho Testamento disponível para eles em hebraico, e que havia se tornado padrão entre os judeus (o texto massorético). Durante a Idade Média tardia, os alemães e ingleses que começaram a traduzir a Bíblia para a "língua do povo" ignoravam a importância da LXX, também chamada Septuaginta (em alguns casos, igoravam até que ela existia). Eles pressupunham que o texto massorético hebreu utilizado pelos judeus europeus de sua época devia ser mais autêntico do que a Vulgata Latina, a qual, na mente deles, estava maculada pela sua associação com a Igreja Latina baseada em Roma.

Embora traduções atuais do VT para línguas modernas levem em consideração a LXX e outras tradições textuais, elas continuam a depender principalmente da tradição massorética. Isto levou a situação por vezes constrangedora de uma tradução do Novo Testamento fazer citações do Velho Testamento que são muito diferentes do "original" encontrado na tradução do VT na mesma Bíblia.

Por exemplo, na versão Almeida Corrigida e Revisada Fiel da Bíblia, temos Paulo citando Isaías em Rom. 9:33, "E todo aquele que crer nela (a pedra que é o Messias) não será confundido". A referência é a Isaías 28:16, onde está escrito: "aquele que crer não se apresse."

Assim como a aceitação do texto massorético do Velho Testamento pouco tinha a ver com teologia, a omissão protestante dos livros deuterocanônicos do Velho Testamento também pouco estava relacionada com teologia, embora um significado teológico tenha sido colocado nisso por alguns grupos nos últimos cem anos.

Até a metade do século XIX, a maioria dos protestantes aceitava os livros deuterocanônicos como inspirados ainda que em um sentido limitado. Por exemplo, na versão original da King James, a versão mais popular em inglês, incluía a maioria dos livros deuterocanônicos. E por muitos anos na Inglaterra foi ilegal até mesmo publicar uma Bíblia sem estes livros.

Eles continuaram a ser inclusos em quase todas as versões protestantes da Bíblia até o movimento missionário da primeira parte do século dezenove. Com o objetivo de economizar em custos de envio, as sociedades bíblicas começaram a publicar Bíblias parciais (só o Novo Testamento, ou só os Evangelhos, etc.). Os convertidos e movimentos religiosos que nasceram destes movimentos missionários vieram a acreditar que os 39 livros na versão truncada dos VTs produzidos pela sociedade missionária eram os únicos "verdadeiros".

A maioria dos protestantes evangélicos dos Estados Unidos são herdeiros desse movimento missionário. Consequentemente, muitos americanos que levam a Bíblia a sério carregam um grave mal-entendido sobre o Velho Testamento. Eles, sincera mas erroneamente, creem que os livros deuterocanônicos do Velho Testamento não fazem parte da Bíblia cristã. Ignoram o fato que a maioria dos livros deuterocanônios são citados ou aludidos como Escritura pelos Apóstolos, pelos Pais da Igreja, e mesmo pelo próprio Jesus Cristo.

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